经过长达一年多时间的协商，2011年12月12日，华东师范大学思勉人文高等研究院常务副院长许纪霖教授，在日本神户参加辛亥百年纪念大会期间，专程到神户大学，代表思勉高研院与该校大学院人文研究科正式签订了学术交流合作协议。协议所涉及的合作内容主要包括：（1）双方联合举办专题性系列小型研讨会，每隔一至两年在神户与上海轮流举行；（2）在条件成熟的情况下，每年互派一位教授访问对方大学并为该校研究生进行为期两周的集中授课；（3）双方基于平等互惠的原则，相互派遣研究生进行访问学习。
在此之前，思勉高研院已与神户大学有过多次人员互访，并于2010年12月19日共同举办了“辛亥革命与清末民初的社会与政治”工作坊。
